2125年，为寻找新能源（人口已暴增至100亿以上），太阳系开发机构决定推进“木星日晒计划”，计划于2140年实现。本田英二（三浦知和），驻守在前线基地“密涅瓦”的项目负责人，此时与失散多年的爱人玛丽亚重逢，但他不明白的是，玛丽亚是一个旨在破坏计划的极端环保主义者。构建“朱庇特教团”的破坏小队队长！在宇宙语言学家威廉的帮助下，英二乘坐木星探索船“JADE-III”前往数万年前造访的宇宙飞船“木星之魂”。另一方面，英二的朋友PILOTKING和天文学家井上乘坐的宇宙飞船遇难。调查的结果是，是遇到黑洞造成的！太阳系面临被黑洞吞噬的危险！解决危机的办法只有一个，那就是通过引爆木星来改变黑洞的运行轨道（剧组在这个问题上花费了大量精力，甚至用电脑进行研究和计算工作）。就在英二和基地里的人员都在努力拯救太阳系的时候，玛丽亚带人进入了基地。....
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