进入明治时代，昔日的“刽子手拔剑”飞村剑心（佐藤健饰）已经习惯了神谷道场的平静生活。没想到这天，他的亡国之战老友——维新三杰之一的大久保俊道（宫泽一志饰）邀请他前去。原本继承剑心刽子手身份的石志雄（藤原达也饰）在当年被新政府出卖。幸免于难的芝芝雄正在暗中准备称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感责任不可推卸的剑心独自踏上了征途。途中，他不仅偶遇了京都女忍者重町曹（土屋泰丰饰），还在新月村与石志雄初次相遇。与此同时，相乐左安之介（青木隆饰）、神谷薰（武井惠美饰）、宫上弥彦（尾谷快斗饰）、斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。阴云密布的时代，全国正在酝酿一场风暴……本片改编自一树信弘的原作漫画。
动作片