延续前作《哥斯拉X机械哥斯拉》的故事，在一年前与哥斯拉的决战中，机械哥斯拉（Mechagodzilla）的机甲哥斯拉（Mechagodzilla）受到了37%的伤害，并失去了右手腕和终极武器——绝对零式加农炮。维修组的中条义人负责维修八王子基地的机龙。有一天，中条在叔叔新一的别墅度假，婴儿岛的小仙女们出现在他们面前。小美女给了她们一个忠告：人类用哥斯拉的骨头造出机龙是一个严重的错误。即使使用机龙，摩斯拉也会成为人类的敌人。于是新一试图说服同为首相的老朋友五十岚阻止机龙的计划。而就在这时，哥斯拉又出现在了太平洋……2004年是哥斯拉登上大银幕50周年。用一代哥斯拉的骨头拼成的机龙首次登场，与哥斯拉展开激战。这一次，哥斯拉类的战争终于要结束了。关键在于袭击东京的魔斯拉和婴儿岛的小美女。一直守护着魔斯拉和小美人的语言学家中条真一将这个任务交给了在巨龙维护队工作的侄子义人。或许他能感受到哥斯拉系列电影的历史传承！至于精彩的战斗场面，国会大厦和东京铁塔等象征东京的地方都被彻底摧毁。与之前的作品相比，它比它更引人注目。不说特效，电影中人与人之间的情感关系也很值得一看。也有许多对正义之心的纠缠、与接线员的对峙等复杂情感的深入描写。
动作片