在所有未知生命体被消灭两年后，人类迎来了短暂的和平，然而神秘的奥帕斯却突然出现在海滩上，打破了这份平静。离奇的人类死亡案件再次在城市中出现，而这一次杀人的凶手又是一个新的敌人——不明物体。他们拥有人类无法企及的神秘力量，就连专门为他们设立的G3小队也无能为力。失去记忆的开朗青年津上祥一暂时寄居在三杉教授的家中，与三杉教授的侄女风谷真一和儿子三杉耐一一起生活。但隐藏在正一纯真的笑容背后的，却是神秘的英雄——假面骑士八木人。每当不明物体出现要杀死人类时，他都会被诱导去消灭它们。\r越来越强大的不明物体、津上正一的过去记忆，以及从奥帕斯诞生的神秘黑衣少年之间，究竟有着怎样的联系？究竟什么是完美的？
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