14年前，被怀疑是神化第一形态的第一台机器的觉醒，带来了近三场震撼，给世界带来了前所未有的变化。之后，葛城美里（江藤三石配音）等NERV前成员离开，创立了对抗seele和NERV的Wille。威尔命令明日香（宫村优子配音）和毛里（坂本真绫配音）夺回被封在卫星轨道上的一号机和碇真司（绪方惠美配音），但绝对阻止真嗣登上一号机飞机。感受到周围的敌意，无知的真嗣乘坐突然入侵的9号机跟随绫波玲（林原惠美配音），回到了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外与日日夜夜思念的绫波重逢，并从父亲那里得知，他和美少年渚薰（石田晶配音）将驾驭第一名。时隔14年，真嗣被人生的沧桑和感情的纠葛压得喘不过气来。而看似温文尔雅的渚渚却为他道出了各种匪夷所思的真相……本片是EVA新剧场版四集系列的第三部。
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