因为亚里医生家的卫生间出了问题，江户川柯南（高山南配音）在小兰（山崎佳奈配音）、惠元爱（林原惠美饰）的陪同下，去公共浴室洗澡洗澡。在此期间，柯南不小心滑倒撞到了头，被两个神秘的陌生人带走了。一番迷茫后，天才诈骗犯菜奈（深见理香配音）和神秘杀手近藤（香川辉之配音）带着失去记忆的柯南来到一座隐蔽的别墅，假扮成他的父母追踪近藤等人。阿里博士和惠普发生了严重的车祸。娜娜所属的犯罪团伙似乎正计划利用它制造带有炸弹的恐怖袭击。与此同时，为杂志社工作的编辑水岛早苗（广末凉子配音）怀疑丈夫近藤有外遇，要求森小五郎调查丈夫的下落。随着时间的流逝，险恶的阴谋浮出水面……本片是漫画连载20周年特别企划。编剧邀请了导演/编剧内田健二来饰演这个角色。.
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