一颗流星划过东京的夜空，随之而来的是希腊神话中的金苹果。善良的孤儿院女教师艾丽卡带着孩子们过着平静的生活，却被金苹果召唤，变成了纷争女神爱丽丝。为了实现她毁灭世界的手段，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将她捆绑。除了争议女神之外，还有五位不死圣女，玛雅·亚萨、俄耳甫斯·竖琴、南十字星的古拉特、阿恩·埃吉斯、扎加·俄里翁。正在享受平静生活的星矢、子龙、瞬和冰河收到了爱丽丝的挑战书，他们重新穿上圣衣，前往女神被困的地方。抵达圣域的星矢人遭遇了不死者五人团，顿时陷入了激战。女神危在旦夕……本片是动画片的首部剧场版。
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