未来世界,人类文明高度发达,智能机器人大量涌现,在日常生活中占据重要地位,而人类也试图将自己改造为机器人,以期赢得永生。与此同时,一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车,担负着连接地球与宇宙文明的重任,银河系不再遥远。星野哲郎(野泽雅子配音)的母亲被一个爱杀人的机械伯爵杀害。他肩负着母亲的嘱托,决定前往安达罗星云改造自己的身体。为此,他不屑于在车站抢夺别人的银河铁道999号车票,也因此认识了与母亲长得很像的梅蒂尔(池田雅代配音)。在梅德尔的帮助下,他终于踏上了999号列车,从此踏上了一段充满未知的旅程……本片为首部剧场版动画。
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