在席卷世界的大灾变“第二次冲击”之后，世界从废墟中重建。14岁的男孩碇真司被他的父亲碇元本召唤到第三届新东京市。他以为自己会受到父亲的欢迎，但他看到了一个名为“使徒”的巨大生物，军队交火了。危急时刻，特务机构NERV的葛成美救出真嗣，并在元碇指挥下将他带到NERV总部。但迎接真嗣的是他父亲的严酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨型人形机器人与使徒作战。已经表示拒绝的真嗣在看到重伤的替补司机绫波玲后，决定听从父亲的命令。就这样，从未接受过战斗训练的真嗣准备驾驶第一个EVA面对使徒。身份不明的绫波玲，身份不明的使徒，以及来自德国的司机明日香兰利，这个14岁的男孩不得不面对远远超出他能力范围的挑战。而碇元都悄悄观察到，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
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