小智、皮卡丘等小伙伴踏上征途。某日，宝可梦沃尔肯尼恩从天而降，被迫与小智关在了一起。福肯尼恩与被人类伤害过的宝可梦生活在一起，因此非常厌恶人类，但这条神奇的锁链让他们形影不离，精彩的故事就此展开。小智和皮卡丘将一起开启新的冒险……另一方面，在超机关城阿佐特王国，大臣贾维斯得到了他多年追求的终极造物——诞生于宇宙的人造宝可梦。500年前的Azot王国。梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有一种不为人知的力量，叫做“灵魂之心”。贪婪邪恶的贾维斯试图利用这种力量来统治王国。小智和沃尔肯尼恩将如何化解他们的裂痕？Volkenion和Magearna有什么样的关系？他们将如何联手对抗贾维斯，拯救阿佐特王国？玛机雅娜最终的命运将如何收场？神奇宝贝历史上最伟大的战斗即将开始！
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