2029年3月的某一天，某国大使馆被一群进行了大规模假肢改造的武装人员入侵。许多外国使节及其亲属被扣为人质，情况紧急。草薙元子（坂本真绫配音）召集了巴特（松田健一郎配音）、户草（新垣太郎配音）等强大的部下，制定了周密的营救计划。没想到，当一切按部就班进行的时候，突然发生了意外。与此同时，在大使馆不远处的一座摩天大楼里，日本首相被密码箱炸弹暗杀，元子的前任上司、陆军501机构的负责人黑兹（浅野真由美饰）被也在爆炸中丧生。经过仔细调查，本子等人发现，一种可以篡改记忆的病毒正在网络上传播，她的身世与一系列事件息息相关。危急时刻，阴谋悄然浮出水面……本片改编自政宗士郎的同名原作，是其诞生25周年的纪念作品。
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