水族馆里出生了四条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔有着不起眼的斑点和缺失的鳞片，她的外表被学校的其他人嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德把伊莎贝尔藏起来，否则一旦被发现就会被扔进海里。顽皮的伊莎贝尔被人类发现，她和哈罗德一起被扔进了茫茫大海。海中突如其来的巨大风浪，让水族馆里的鱼儿全部掉进了海里，一时间，伊莎贝尔和哈罗德分开了。伊莎贝尔偶然发现了四月，并遇到了一群长相奇特的鱼，他们都因为外在的缺陷而被亲人排斥。在四月的带领下，伊莎贝尔和其他鱼准备穿越火山前往珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海参卡尔的陪伴下，没能找到自己的女儿，悲痛欲绝，带着鱼离开了。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁上遇见了哈罗德，珊瑚礁女王的出现更让这对父女惊喜。原来，王后就是伊莎贝尔的母亲。家人团聚。
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