在第1季的结局中，迈克（温特沃斯米勒）和林肯（多米尼克珀塞尔）跑到公园，那里停着黑帮老大阿布鲁齐派来的飞机。由于稳定性问题，飞行员没有等他们就离开了。逃犯们只能望天长叹，就这样开始了越狱生涯。在副总统的授权下，FBI追逃高级侦探马宏成为了抓捕组组长，他决定一一分解。另一方面，莎拉的父亲因为林肯的案子而灰飞烟灭。她开始相信迈克，并从父亲的遗物中得到线索；，杀了LJ的家人，LJ却意外逃脱；一直帮助林肯的律师得到了越来越多的线索……一切的阴谋似乎都在慢慢揭开。
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