进入明治时代,昔日的“刽子手拔剑”飞村剑心(佐藤健饰)已经习惯了神谷道场的平静生活。没想到这天,他的亡国之战老友——维新三杰之一的大久保俊道(宫泽一志饰)邀请他前去。原本继承剑心刽子手身份的石志雄(藤原达也饰)在当年被新政府出卖。幸免于难的芝芝雄正在暗中准备称霸日本的可怕计划。大久保死后,深感责任不可推卸的剑心独自踏上了征途。途中,他不仅偶遇了京都女忍者重町曹(土屋泰丰饰),还在新月村与石志雄初次相遇。与此同时,相乐左安之介(青木隆饰)、神谷薰(武井惠美饰)、宫上弥彦(尾谷快斗饰)、斋藤一(江口洋介饰)也相继赶往京都。阴云密布的时代,全国正在酝酿一场风暴……本片改编自一树信弘的原作漫画。