八国联军进京，朝廷逃亡，天下大乱。黄飞鸿（赵文卓饰）与父亲黄启英（刘迅饰）、十四姑姑（王晶莹饰）、徒弟梁宽（莫少聪饰）、鬼娇奇（熊欣欣饰）去了南下番禺，想见十三阿姨（王晶莹饰）。关之琳（关之琳饰）、猪肉蓉（郑则仕饰）、亚作（郭晋安饰）三人齐聚。玉露师徒误会了南越的米仓，担心海贼会在那里偷粮。两个帮派互不认识。黄飞鸿帮他把盗米贼变成了衙门。.南海海盗一向乘风破浪，屡屡震荡，以致番禺没有官管，官吏只得靠偷盗维持口粮。黄飞鸿感谢四等人的忠诚，于是放弃了去香港的计划，开始了与单燕英、张云林、张宝载等当地海盗的一系列战斗……这部电影是第五部徐克执导的黄飞鸿系列电影。
