2007年，D.Jame在半岛军火商的支持下研究了生物人。生化人安德烈在研究过程中发生基因突变，大开杀戒，杀死了半岛军火商，控制了其组织，接手了生化人的研究工作。D.Jame侥幸逃脱，不得不寻求警方的保护。特工林冬（成龙饰）不得不抛下奄奄一息的小女儿希希接受保护证人的任务……十三年后，一部科幻小说的出版引来生化黑衣人组织，神秘的黑客李森（罗志祥饰）（被杀的半岛军火商之子），以及匿名的林东，三股势力开始逼近“平凡”女孩娜茜（欧阳娜娜饰）的生活，想要得到她的秘密。而受伤躲在黑衣人身后多年的安德烈，也是再度出手，经过多番厮杀，终于擒下了纳西。林动和李森只好冒着生命危险一同前去营救，却在关键时刻发现李森竟是被害的半岛军火商之子，而生化人的实验记录也随之陨落到了李森的手里……
