公元1633年，大明水师最年轻的旗主卢长风护送东厂总督前往南阳缉拿重犯。遭到海兽舰队的报复，全军覆没。陆长风被神秘组织救出，随后来到大航海时代的国际贸易中心吕宋岛。在明朝奇人宋应星的带领下，岛民们建立了与世界融为一体的城市“万国”，以反抗西班牙殖民者的残酷统治。为了调查，陆长风加入了宋应星的组织“天宫”，与来自世界各地的陌生人一起对抗殖民者和海上侵略势力。各种超前于时代的创造在这里出现，令人叹为观止……在历史与现实的交织中，陆长风终于领悟了“天工”的奥秘，也解开了自己的身世之谜。在五星彗星归来的那一夜，陆长风和宋应星将书写任何历史……
