故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中,“超能力开发”被列为学校课程的一部分在二百三十万人口中,有八成都是学生,所以被称为学园都市他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同,可以分为6级,从无能力(Lv0)到超能力(Lv5)。故事的主人公上条当麻是学园里的一个无能力者,但并非完全没有能力,而是他的能力是能够将一切异能效果无效化。他只有右手能够使用这种能力,还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故,导致自己一直过着不幸的生活。某一个暑假的日子,在家里的阳台上,他遇见了一位修女,这位少女自称自己的名字叫禁书目录(Index),并是从魔术的世界逃了出来,现在正在被魔术师追赶中。就这样,上条当麻一脚踏进了奇妙而美丽的世界,开始了战斗……掌握了十万三千本究极魔法书(魔导书)的少女与拥有抹杀一切奇迹的上帝之手的少年,将面临一系列故事……