2031年，作为次世代能量装置而开发的“量子反馈反应堆”失控事件，世界发生了翻天覆地的变化。突然从地面蔓延开来的闪光吞噬了城市建筑，覆盖了大地，终于，超越并融合了生物、机械和植物的未知奇异进化生物“B.R.A.I”出现了。七年后，翔龙重生为绝对防御城“新翔龙”。它正以惊人的速度进化，成为人类对抗濒临灭绝的B.R.A.I的最后希望堡垒。受命运的启发，莱昂、可依、昆凌和道格齐聚新祥龙。塞西尔、凯恩、杰伊和格伦欢迎他们加入防卫队。于是，一支为人类生存而战的特种部队“潘多拉”诞生了。契约之时，希望寄托在他们身上——
