位于东京西部的庞大“学园都市”总人口230万，其中约80%是学生。在这座城市里，实施着超能力培养的特殊课程。对学员的能力给予从“残疾0级”到“超能力5级”六级评价。高中生上条当麻也是住在学园都市的学生之一。因为隐藏在右手的力量——只要是超能力就连神的加护都可以消除的“幻想破坏者”，被评价为失去名字的“无能者”，过着充满不幸的生活.生活。然而，上条的学生生活却因为暑假伊始从天而降的纯白修女而发生了翻天覆地的变化。自从遇到从“魔法”的世界——“禁书目录”中逃出的她，上条就卷入了各种各样的事件中。领导学园都市的“科学”一方和与茵蒂克丝有关的“魔法”一方，在惊心动魄地解决双方事件的过程中，人际关系也逐渐展开。随后，魔法方最大的基督教教派罗马东正教终于注意到了上条的存在……就像回应魔法方一样，科学方的学园都市也有所动作。但也有人与世界的意图作斗争，逐渐开始反对。那些因与上条的缘分而大大改变命运的“勇者”。他们站起来面对这个世界。就像上条当麻一样。当科学与魔法第三次交织时，故事将大大推进！！
