21世纪，地球恢复了往日的平静，但此时一颗陨石从宇宙中坠落，陨石上有一个人造时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队从落后中得知地球将要发生一场灾难。这时，时空舱预言的两只怪物“加尔扎”和“米鲁巴”相继出现，GUTS小队根据预言寻找保存在金字塔中的三位巨人的尸体。经过几番寻找，GUTS小队终于找到了金字塔，但同时也赶来了两只怪物。GUTS虽然拼命守护，但三座巨像已经被摧毁，只剩下一个。队员大悟的战机也被击中，逃生装置失灵。千钧一发之际，大悟突然化作光芒，与最后一尊石像相交。结果，复活的光之巨人“迪迦”与两只魔物展开了战斗……
