三国时期，战争爆发。少年华佗在家乡亳州为百姓治病，过着逍遥自在的生活。华佗巧妙地使知府之女明心起死回生，并赢得了神医的美誉，从此与明心结下不解之缘。为了研制出治疗明心眼睛的麻飞散，华佗开始四处游历寻药。在京城，华佗多次与英雄关羽、汉奸曹操、师兄吴思德相遇，经历了官场的险恶和人世的残酷。最让华佗痛心的是，心爱的姑娘明心被吴思德残忍霸占。在东巫山，走投无路的华佗得到隐士的指点，醒悟过来，立志要成为医人、医心、医国的苍生大医。赤壁之战，刮骨解毒，秘境奇遇。风雨兼程，他始终不改拯救苍生的赤子之心。马飞散的研制成功，也让华佗和明心的爱情有了结果，可就在幸福来临之际，曹操却因病、猜忌、仇恨带走了华佗。医生死在狱中。
