白子成功度过了地表入侵、山体基因危机、阿里情报危机、树冠辐射危机的五年后，由天空和小奥赫达带领的地表人回到了地面。重建家园时，意外发现美国国防部在战前建立的潜艇智能基地，因后备电源中断而浮出水面。经过探索，发现基地内没有幸存者。修好供电设备后，天人进入了潜艇基地的控制系统。这是冷战时期发展起来的太空战基地。之所以建在海底，是为了安全和保密。潜艇基地可以连接到仍在运行的军事卫星。意外发现美国已经秘密与宇宙中的神族文明取得联系。神族文明的外交舰队在一百年前启程，如今已经进入了银河系的边缘。神族文明发现地球文明已不复存在。同时，阿里当时在空间站上备份的系统错误地确定了神族文明的目的，希望他们能帮助人类重建家园。不过，神族文明已经开始了殖民球的计划。外交舰队的任务是摧毁地球上剩余的文明，建立新秩序。Skymen和Surfacemen将如何利用地球逆行文明击败Protoss，将是本季的重头戏。在基本剧情设定中，神族文明也是碳基生物，外形与人类相似。它的武器也是基于量子力学研发的，但比过去人类的武器还要先进。神族文明和地球文明相互发现后，他们认为地球文明的技术是爆炸性的，到达地球后未必能够保持技术领先。不过，出于对未知世界的好奇，他们派出了2艘星舰和1w个神族战士。外交舰队。
