全球怪物灾难爆发后，世界各国于1966年成立了地球防卫军（GGF），以应对来自地球内外的怪物和外星生命的攻击。 如今，人类对自然的破坏和全球气候变暖日益严重。 一天晚上，宇宙贝壳怪物巴赞甲出现。 地球防卫军的清理活动遇到困难，日间元斗率领的特别小组陷入了绝境。 这时，一个神秘的巨人带着耀眼的光芒降临。 这是一个巨大的、身份不明的外星人，代号为数十年来一直在宇航员中流传的传闻。 随后，斯金格被召唤到指挥中心，突然接到了成为特殊怪物对应特遣队（SKaRD）指挥官的任务。 SKaRD是一个秘密组织的特殊怪物回声部队。 他麾下的这支特种部队主要驾驶巨型妖形机器人阿斯加隆对抗妖灾。 同时，他还奉命调查巴赞加之战中出现的奥特曼是否是必须消灭的敌人。 “我会解决的。” 此时此刻，在烈焰奥特曼的光芒笼罩下，斯金格队长将与新组建的SKaR并肩作战……
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