东京、大阪、京都接连发生暴力杀人事件。 五名受害者全部被蒙面影子人用武士刀和弓箭当场杀死。 警方介入调查，发现死者系“源氏萤”盗窃团伙成员，该团伙经常出没三地，专门盗窃著名佛教造像和艺术品。 一行人共有八人，互相称呼义经家臣的名字，每个人都拿着义经的一本。 义经的副本从五名受害者的手中被夺走。 这一天，京都的古寺山王寺收到了一封奇怪的信，信中说如果能解开信中所附的谜语，就能找到八年前被盗的如来像。 柯南和小兰带着毛利小五郎来到了寺庙，但两人都对画谜一头雾水。 被杀的五人中，有一人照顾过与新一势均力敌的大阪高中生服部平次。 服部也来到京都调查案件的秘密，并趁机寻找自己的初恋情人。 当柯南和服部相遇并共同调查时，他们发现有人想要杀死服部。 随后“萤源氏”的另一名成员被杀，而这一切似乎都与画谜有关。
