2002年冬天，横滨大桥突然被战斗机炸毁。 虽然媒体报道称是自卫队战斗机造成的，但事实上，这架战斗机并不存在。 公众对自卫队普遍不信任。 特种车辆二课二队队长后藤（大林龙介 配音）发现此事与1999年事件中失踪的自卫队成员都筑有关。 1999年，日本陆上自卫队机器人小队在联合国维和行动中被全歼。 而哲智正是特车二课一队队长南云（榊原凉子 配音）的前恋人。人们的不信任已经达到了顶峰，戒严的东京面临着一场大骚乱，而 人们陷入了迫在眉睫的斗争危机之中。 在自卫队王牌荒川的帮助下，后藤（大林龙介 配音）和南云追查了哲智的下落。 后藤招募了泉（富永三伊奈 配音）、筱原（古川敏雄 配音）等前特种车辆二课成员，发射了 PATLABOR 机器人攻击哲智的基地……《PATLABOR》第二部剧场版。
