怪盗基德的警告信出现在北海道函馆市风财阀的收藏中。 基德这次要偷的，是江户幕府时期新选组副团长土方岁三的日本刀。 一向追逐奢华宝石的凯托·基德，居然爱上了刀？ 此时，被誉为西方大侦探的服部平次和柯南也来到函馆参加剑道比赛。 就在基德执行通知书的那天，平次识破了基德的伪装并追击了他！ 与此同时，函馆栈街发现一具尸体，胸部有十字伤。 在搜寻过程中，一位活跃在亚洲的日裔美国军火商“死亡商人”出现了。 这个男人一直在寻找哈图家族第一代当主隐藏在函馆的宝藏。 Axe E家族在江户幕府战争期间深入参与军火工业。 传说该宝物是德川末期能够扭转纷争的强大武器，而这件宝物似乎与基德想要盗取的宝剑有着千丝万缕的联系。 就在基德举剑瞄准的同时，一名剑客也向基德逼近。
