工藤新一是一位全国知名的高中侦探。 当他追捕黑衣人犯罪团伙时，不幸被团伙成员发现。 工藤新一被打昏并喝下魔法药水后，又变回了小孩！ 新一找到了经常协助他的阿里博士，博士为他量身定制了很多间谍武器。 为了防止犯罪团伙对自己进行报复，新一决定匿名秘密追踪他们，希望能得到解药。 一天，欣怡的女友毛丽兰来到阿里博士家寻找男友的下落。 被小兰撞到的心怡无奈之下自编了名字江户川柯南，随后柯南就住在了小兰家里。 小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探。 新一可以与他合作处理四起案件，以追查夜人的下落。 柯南在小学认识了步美等小学生，他们一起组织少年侦探队向犯罪分子宣战！
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