学园都市面积占东京西部13%，人口超过230万，其中80%以上由学生组成。 尖端科技飞速发展，超能力的发展已经渗透到城市的每一个角落。 超能力等级达到5级的御坂美琴（佐藤莉奈 配音）和初春鸟（丰崎亚纪 配音）、白井黑子（新井里美 配音）等好友一起过着正常的生活，偶尔也会爆发 以热忱平息各种骚乱。 阴谋扰乱、侵占城池。 某日，她在调查一桩现代卡牌事件时，结识了长泷学园的扶寿都信（叶山郁美 配音），并得知美琴的 DNA 被用来大量复制超能力。 不稳定的气氛在城市的各个角落肆意蔓延。本片是镰地和真（原作者）、冬川元（画师）创作的衍生漫画《魔法禁书目录》第二季。
